国指定文化財
| ニホンカモシカ | 特別天然記念物 | － | 昭和9年5月1日 |
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| ヤマネ | 天然記念物 | － | 昭和50年6月26日 |
| 美し森の大ヤマツツジ ウツクシモリノオオヤマツツジ | 天然記念物 | 大泉町西井出 | 昭和10年6月7日 |
厳密いうと、美し森の大ヤマツツジは、大泉町エリアになります。
山梨県指定文化財
清里地域には、山梨県指定の文化財は無いようです。
北杜市指定文化財
| 日吉神社のスギ群 ヒヨシジンジャノスギグン | 天然記念物 | 高根町清里 | 昭和56年8月27日 |
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| 清里東原のナラ キヨサトヒガシハラノナラ | 天然記念物 | 高根町清里 | 昭和56年8月27日 |
| 八ケ岳権現社のマツ ヤツガタケゴンゲンシャノマツ | 天然記念物 | 高根町清里 | 平成9年9月22日 |
| 日吉神社の筒粥の神事 附桝・筒粥日誌 ヒヨシジンジャノツツガユノシンジ ツケタリ マス・ツツガユニッシ | 無形民俗 | 高根町清里 | 昭和62年4月14日 |
高根町清里とありますが、清里駅周辺の念場原地域ではなく、樫山地域です。